התכנון מותאם לכל הזמנה, ולכן לא ייתכן תכנון המתאים לכולם. עם זאת, יש להכיר כמה עקרונות כלליים של תכנון נכון. במרפאות גדולות יש להביא בחשבון את צורכיהם השונים של כל אנשי הצוות.
הגורמים שיש לתת עליהם את הדעת בעת תכנון המרפאה הם כדלקמן:
תכנון המבנה (המעטפת)
תכנון מערכות המים והביוב ועובי הרצפה - האפשרויות להעברת צנרת ושיפועים
תכנון חשמל, תאורה וטלפון
תכנון מערכות החימום, האוורור ומיזוג האוויר (יש להתחשב בתקנים ובהנחיות של משרד הבריאות)
אקוסטיקה
ריהוט
צבע
אינטרקום ומרכזיית טלפונים
מוסיקת רקע
מערכת אזעקה נגד פריצה ואש
מערכות חמצן וגז